Das schlanke, zum Chorraum führende Hauptschiff des Kölner Doms ist mit 144 Metern das längste Kirchenschiff Deutschlands und wird von je zwei Seitenschiffen begleitet.
In der Vierung steht der moderne Bronzealtar, welcher 1960 bis 1971 von Elmar Hillebrand geschaffen wurde. Dahinter liegt das Chorgestühl aus den Jahren 1308 bis 1311, das mit seinen 104 Sitzen eines der größten erhaltenen mittelalterlichen Chorgestühle in Deutschland ist. Die Besonderheit dessen ist ein jeweils reservierter Platz für den Papst und den Kaiser. Um 1340 entstanden die Chorschrankenmalereien, auf denen 21 erzählende Darstellungen abgebildet sind. Darüber befinden sich ältere Chorpfeilerskulpturen von Jesus, Maria und den 12 Aposteln.
Im Zentrum des Chorhauptes befindet sich der Hochaltar, der zu Ehren des heiligen Apostels Paulus geweiht wurde. Hinter dem Hochaltar erhebt sich der Dreikönigsschrein, der wie eine Basilika die Dreieinigkeit Gottes verkörpert. Dieses überragende Werk mittelalterlicher Goldschmiedekunst ist 1,10 Meter breit, 1,53 Meter hoch, 2,20 Meter lang, 6 Zentner schwer und wurde auf Anordnung des Erzbischofs Phillip von Heinsberg zu Ehren der Heiligen drei Könige angefertigt. Außer den Gebeinen der Drei Könige ruhen hier auch die Gebeine der heilig verehrten Märtyrer Felix, Nabor und möglicherweise auch Gregor von Spoleto.